从2017年11月12日起至2018年5月11日，由希腊入境德国的旅客都必须接受特殊的边境检查。德国机场对希腊收紧入境检查程序引发两国外交争端。
日前有从希腊乘坐航班飞往德国的乘客投诉，在德国斯图加特机场被告知不得使用申根旅客通道，而不得不长时间排队等候接受类似非申根区旅客的通关检查。
有不少希腊旅客在社交网站纷纷发表文章披露当时的情形。据称，当从希腊飞往德国斯图加特的飞机降落后，机场大巴将全机乘客接载到特别控制区，由德国联邦警察和安全部门官员对其进行彻底检查。希腊旅客认为“受到了德国的歧视和侮辱”，并质疑该措施违反申根协定，因为希腊既是欧盟成员国，同时也是申根国家。
根据申根协议，签约国的公民可以自由移动，申根国家之间没有边境检查。
希腊当局向德国政府抗议国民受到不公待遇。德国方面则指，在今年1月起实施的随机抽样边境检查中，在首10个月便发现了约1000名由希腊飞往德国的非法移民，“比所有申根国家航班都要多”。
德国当局更担心，由于此前发现很多非法移民使用伪造的希腊身份证进入德国，其中可能会有恐怖分子混杂其中进入德国实施恐怖袭击。而圣诞节期间更需要采取严厉措施，以防人群聚集地方会成为恐怖分子的袭击目标。因此，根据申根协议第25条款，从2017年11月12日至2018年5月11日期间，由希腊入境德国的乘客都必须通过特殊的边境检查程序。
对此，欧洲委员会、希腊和德国已在22日举行三方会议，就边境检查问题进行检讨和磋商。消息透露，希腊和德国已接近解决分歧。
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